Covid-19 : Nouveau variant, nouveaux vaccins, nouvelle vague… Que nous réserve le coronavirus pour la rentrée ?

Finies les vacances. Finie la septième vague de Covid-19. Bientôt la rentrée des classes. Et bientôt la huitième vague ? « Le scénario le plus probable est celui d’un pic épidémique à la rentrée, estimait il y a quelques jours Brigitte Autran, immunologue et présidente du Comité de veille et d’anticipation des risques sanitaires, l’entité qui succède au Conseil scientifique. Sera-t-il dû à un nouveau variant ou au retour du froid ? Nous ne sommes pas devins, mais il est quasi certain qu’il y aura une vague à l’automne ».

Alors, à quelle sauce le coronavirus pourrait-il nous manger cet automne ? Quels sont les variants susceptibles de générer de nouvelles vagues ? Et de quels vaccins et outils disposons-nous pour les prévenir ? 20 Minutes fait son point de rentrée sur le virus.

Mini-protocole sanitaire dans les écoles, maxi-problématique de la qualité de l’air intérieur

Pour cette rentrée scolaire, le gouvernement a prévu un protocole au niveau « socle », soit le plus bas du nouveau cadre sanitaire. Il prévoit que les élèves soient accueillis en présentiel, à l’école primaire comme au collège et au lycée, sans port du masque. Les activités physiques et sportives seront autorisées en intérieur et en extérieur sans restriction. Et aucune limitation du brassage entre les groupes d’élèves n’est à l’ordre du jour.

Le respect des gestes barrières, comme le lavage des mains et l’aération des locaux, reste recommandé. Des recommandations suffisantes ? « La rentrée scolaire est un moment particulier qui doit être surveillé, prévient le Pr Bruno Lina, virologue et directeur du Centre national de référence de la grippe pour le sud de la France. En termes de calendrier, sur la base de l’expérience des deux automnes précédents, cette période, qui correspond à la reprise de l’école et du travail, d’un brassage de population, d’un rafraîchissement des températures et d’une baisse des activités en extérieur, forme le cocktail pour une reprise épidémique forte ».

Soulevée depuis l’été 2020, la problématique de la qualité de l’air intérieur reste, pour de nombreux scientifiques et médecins, trop peu traitée. « L’importance de renouveler l’air infuse de plus en plus, et le recours à des capteurs de CO2 peut aider à en prendre conscience. Mais il faut agir, et plus vite, insiste le Pr Lina. C’est un enjeu majeur dans le milieu scolaire, mais aussi professionnel et personnel. Au début du XXe siècle, on a travaillé sur la qualité de l’eau pour réduire la transmission d’un certain nombre de maladies infectieuses. Désormais, il faut travailler sur la qualité de l’air ».

La roulette russe des variants

Si une nouvelle vague venait à déferler, quel variant apporterait-elle ? Dans son avis du 19 juillet, le Conseil scientifique table sur trois scénarios. « La première hypothèse, c’est qu’on ait une nouvelle vague du sous-variant BA.5 d’Omicron, ou d’un descendant pas encore apparu, avance le Pr Lina. Quand on analyse la compétition entre les variants, BA.5 présente le potentiel de diffusion le plus important, en raison de sa haute transmissibilité et de son niveau d’échappement à l’immunité post-vaccinale et post-infectieuse ».

Mais « on surveille aussi de près d’autres sous lignages, notamment le BA.2.75, apparu en Inde, ajoute-t-il. Pour l’heure, les études en laboratoire et la réalité de sa propagation montrent qu’il est moins performant que BA.5 ». Dans la famille Omicron, les scientifiques regardent aussi de près « le sous-lignage BA.2.12.1, qui a beaucoup circulé aux Etats-Unis au point d’entrer en compétition avec BA.5. Mais ce dernier s’est montré là aussi plus performant, poursuit le virologue. Aujourd’hui, prédominent à l’échelle planétaire BA.5 et ses dérivés, suivis de BA.4 et ses dérivés, peu vus en France mais présents en Afrique et en Amérique du Sud ».

Dernier scénario, le plus redouté : « un nouveau variant hautement contagieux et avec un échappement immunitaire important », indique le Pr Lina. Or, « d’autres sous-variants ont émergé dans le monde ces derniers mois et rien ne permet de dire qu’il n’y aura pas un nouveau variant émergeant en dehors du groupe Omicron », prévient Mircea Sofonea, maître de conférences en épidémiologie et évolution des maladies infectieuses à l’Université de Montpellier. A ce jour, « aucun n’a été détecté de façon significative à l’échelle planétaire, observe le Pr Lina. Il faut suivre cela de près ».

Nouveaux vaccins et nouveaux rappels ?

Pour contrer le virus et toutes ses souches, de nouveaux vaccins devraient dans les prochains mois compléter l’arsenal dont on dispose. « Parmi ces nouveaux vaccins, à ARN messager et à protéine recombinante, il y a des éléments intéressants en termes de qualité de réponse immunitaire, se réjouit le Pr Lina. De quoi élargir et améliorer le spectre des anticorps développés à l’occasion des prochains rappels vaccinaux, et offrir une protection plus efficace contre Omicron ».

Lundi, le duo Pfizer-BioNTech a annoncé avoir déposé en urgence une demande auprès de l’agence américaine du médicament, la FDA, pour autoriser son vaccin de nouvelle génération, efficace contre BA.4 et BA.5 d’Omicron. Objectif : assurer les premières livraisons dès septembre aux Etats-Unis. Mais de ce côté-ci de l’Atlantique, « le calendrier est plus flou et pourrait prendre du retard, souligne le Pr Lina. Les firmes doivent déposer des dossiers pour que leur vaccin soit évalué par les agences régulatrices, agences qui devront ensuite donner leur feu vert sur leur utilisation ».

Pfizer-BioNTech prévoit de déposer sa demande d’autorisation auprès des autorités européennes à la fin de l’année. « Si on ajoute les détails logistiques, aurons-nous ces vaccins au moment où on en aura besoin pour prévenir la prochaine vague ? Pas sûr, estime le virologue. Dans un premier temps, il faudra certainement compter sur les vaccins actuels, qui ciblent la souche originelle du virus, même s’ils sont un peu moins efficaces et moins longtemps, ils sont indispensables sur une échéance courte ».

Une immunité en déclin

Dans le même temps, « le déclin immunitaire se poursuit, avertit Mircea Sofonea. La protection conférée par le dernier rappel ou la dernière infection diminue et peut arriver prochainement à un niveau suffisamment bas pour favoriser une reprise épidémique ». Quand ? On ne peut le prédire, et il ne faudra plus compter sur les modélisations de l’Institut Pasteur. « Les modèles sont devenus trop complexes à établir : entre le nombre de doses reçues, les classes d’âge, le niveau d’immunité et la multiplication des variants, il y a trop de paramètres pour établir les trajectoires, explique l’épidémiologiste. En outre, l’Etat s’est désengagé sur la recherche et les financements alloués, ce qui fait qu’aujourd’hui, la suite s’annonce brumeuse : nous ne disposons plus des moyens nécessaires pour établir nos modélisations ». Des modélisations pourtant « réclamées par les CHU pour anticiper l’impact de vagues sur l’organisation des soins, et cruciales pour optimiser le déploiement des campagnes vaccinales ».

Et les campagnes de rappel devraient bientôt s’intensifier. Même si le pass sanitaire n’est plus de rigueur, « il revient à chacun de juger de son immunité, insiste le Pr Lina. Les plus de 80 ans dont le dernier rappel ou infection date de plus de trois à quatre mois ont déjà perdu de manière significative leur immunité protectrice et ont besoin d’un rappel rapide. Cela vaut également pour les plus de 60 ans ayant des comorbidités. Pour les plus jeunes, ce délai est de 5 à 6 mois ».

Car aujourd’hui, « on le sait, le Covid-19 va vivre avec nous des années, il nous faut donc apprendre à vivre avec, rappelle le Pr Lina. Et pour cela, il revient à chacun d’agir pour éviter les chaînes de transmission ».